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由于不同物質(zhì)的結(jié)構(gòu)不同，吸收微波能的能力各異，因此，在微波的作用下，某些待測組分被選擇性地加熱，從而與基體分離，進入到微波吸收能力較差的萃取劑中。萃取的溫度、溶劑的極性對萃取效率有很大的影響。
從細胞破碎的微觀角度看,微波加熱導(dǎo)致細胞內(nèi)的極性物質(zhì)尤其是水分子吸收微波能產(chǎn)生大量的熱量，使胞內(nèi)溫度迅速上升，液態(tài)水汽化產(chǎn)生的壓力將細胞膜和細胞壁沖破，形成微小的孔洞;進一步加熱又導(dǎo)致細胞內(nèi)部和胞壁水分減少，細胞收縮，表面出現(xiàn)裂紋。孔洞或裂紋的存在使胞外溶劑容易進入細胞內(nèi)，溶解并釋放出胞內(nèi)產(chǎn)物。
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